Deniz Müzesi, 31 Ağustos 1897 tarihinde Bahriye Nazırı Bozcaadalı Hasan Hüsnü Paşa`nın emirleri ve Tersane Komutanı Amiral Arif Hikmet Paşa`nın destekleri ile Binbaşı Süleyman Nutki tarafından Tersane-i Amire bünyesindeki Mayın Müfreze Komutanlığı`na ait binada dünyanın nadir örneklerinden biri olarak "Müze ve Kütüphane İdaresi" adıyla kurulmuştur.

Önceleri tasnifi yapılmamış, müze deposu olarak sergiye açılmıştır. 1914 yılında Bahriye Naziri olan Cemal Paşa, denizciliğin tüm kollarında olduğu gibi müzede de reform yapmış ve müdürlüğe Deniz Yüzbaşı Ressam Ali Sami Boyar`ı getirerek, bilimsel anlamda müzenin yeniden düzenlenmesine olanak sağlamıştır. Ali Sami Boyar 1917 yılında müzenin ilk kataloğunu yayınlamış, Türk gemilerinin tam ve yarım modellerinin yapılması için "gemi model atölyesi" ve mankenlerin yapıldığı "mulaj (döküm)-manken atölyesi"ni kurarak, müzenin geliştirilmesine ve bugünkü halini almasına temel oluşturmuştur.

1933 yılında Kasımpaşa`daki Nakkaşhane binasına taşınan müze, bu kez "Bahriye Müzesi Müdürlüğü" adıyla açılmış, II. Dünya Savaşı`nda ise olası tahribattan korumak üzere Ankara, İzmit ve Niğde`ye aktarılmıştır. 1946 yılında müzenin tekrar İstanbul`da kurulmasına karar verilerek önce bugünkü Kuzey Deniz Saha Komutanlığı binasına depolanmış, sonra da Dolmabahçe Camii Hünkar Mahfeli`ne taşınmıştır. Yeni müze müdürü Haluk Şehsuvaroğlu idaresinde, 1948 sonbaharında Preveze Deniz Zaferi`nin 410. yıldönümü sırasında "Deniz Müzesi ve Arşivi Müdürlüğü" adı ile ziyarete açılmıştır.

1956 yılında Dolmabahçe yolunun genişletilmesi sırasında müzenin müştemilatından olan garaj ve kayıkhane binası istimlak edilmiş, burada bulunan arşiv ve belgeler Dolmabahçe Sarayı`nın kuzey kısmında bulunan (bugünkü Deniz Tarih Arşivi binası) Arabacılar Dairesi`ne taşınmıştır.

Son olarak 27 Eylül 1961 yılında, Beşiktaş semtinin İskele Meydanı`nda Türk Amirali Kaptan-ı Derya Barbaros Hayrettin Paşa`nın anıtı ve türbesi yanında, bugünkü bulunduğu yere taşınmıştır. Türkiye`nin denizcilik alanında en büyük ve içerdiği koleksiyon çeşitliliği açısından dünyanın sayılı müzelerinden biri olarak varlığını sürdürmektedir.

Ziyaret Gün ve Saatleri: Yılbaşı ve dini bayramların ilk günü ile, Pazartesi- Salı günleri dışında her gün 09.00 - 17.00 saatleri arası ziyarete açıktır.
Ziyaret Ücretleri: Tam 4 TL / Öğrenci 1,50 TL