1869’da Şuşa, Karabağ’da doğdu. Tiflis’te tamamladığı ortaöğreniminden sonra Paris Hukuk Fakültesi ile SorbonneTarih ve Filoloji bölümlerindeokudu. İlk makalesini yirmi bir yaşında Fransızca kaleme aldı. Bir dönem Paris’te gazetecilik yaptı. Üniversite yıllarında çeşitli dergilerde yazıları yayımlandı. 1911’de Türk Yurdu Cemiyeti’nin kurucuları arasında yer aldı. Darülfünun’da Rus dili ve Türk tarihi hocalığı yaptı.1917 Devrimi’nden sonra Kafkas orduları siyasi müşaviri olarak Rusya’ya gitti. Geri döndüğünde İngilizler tarafından tutuklandı ve Malta’ya sürüldü. 1921’de Anadolu’ya geçerek Ankara hükümeti tarafından matbuat umum müdürlüğü görevine atandı. 1930’da Serbest Cumhuriyet Fırkası’nın kurucuları arasında yer aldı. Ağaoğlu, 19 Mayıs 1939’da İstanbul’da öldü.