"İstanbul Deniz Müzesi, Türkiye'nin denizcilik alanında en büyük ve içerdiği koleksiyon çeşitliliği açısından dünyanın sayılı müzelerinden biridir. İstanbul Deniz Müzesi, Türk denizcilik tarihini açıkça ortaya koymasının yanı sıra, Osmanlı İmparatorluğu’nun ihtişamını ve görkemini yansıtan tarihi kadırga ve saltanat kayıklarıyla zengin koleksiyonlardan birine sahiptir. Kurulduğu tarihten beri Türk Deniz Tarihine ait, bilgi, belge ve nesneleri muhafaza ederek ve yeni nesillere aktarılmasını sağlayarak önemli bir görevi yerine getirmektedir.
İstanbul Deniz Müzesi, 1897 yılında, II. Abdülhamit’in izni, Bahriye Nazırı Bozcaadalı Hasan Hüsnü Paşa’nın emirleri ve Amiral Hikmet Paşa ile Binbaşı Süleyman Nutki’nin büyük çabaları sonucu “Müze ve Kütüphane İdaresi” adıyla Tersane-i Amire’de küçük bir binada kurulmuştur. II.Dünya Savaşı’nın başlamasıyla eserler korunma amacıyla Anadolu’ya nakledilmiştir. Savaş sonunda 1946 yılında müzenin tekrar İstanbul’a taşınmasına karar verilmiş ve müze Dolmabahçe Camii’ne taşınmıştır. Müze müdürü Haluk Şehsuvaroğlu idaresinde 2 yıllık bir çalışmadan sonra 1948’de ziyarete açılmıştır. Daha sonra müzenin tekrar taşınma gerekliliği ortaya çıkmış ve son olarak 1961 yılında Beşiktaş’taki (önceleri maliye binası olarak kullanılan) bugünkü yerine taşınmış ve “Deniz Müzesi ve Arşivi Müdürlüğü” adıyla hizmete girmiştir. Müze Ana Teşhir Binası'nın hemen yanında yer alan XX. Yüzyıl başlarında inşa edilen ve önceleri uçak hangarı, tekne onarım atölyesi ve garaj olarak kullanılan bir depo müzeye tahsis edilmiştir. Bina çeşitli ilavelerle 1971 yılında “Tarihi Kayıklar Galerisi” adı altında müze koleksiyonunda yer alan kadırga ve saltanat kayıklarının muhafaza edilerek sergilendiği galeri olarak kullanılmaya başlanmıştır.
Tarihi Kayıklar Galerisi'nin müze olarak inşa edilmemiş olmasından ve yeterli büyüklükte olmamasından kaynaklanan sıkıntılar giderilemediğinden 2005 yılında mimari proje yarışması açılmıştır. 2008 yılında yeni müze binası ihalesi sonuçlanmış ve çağdaş müzecilik anlayışına uygun olarak Ana Teşhir Binası, Tarihi Kayıklar Galerisi, Kültür Sitesi ve Açık Sergi Alanları'ndan oluşan müze inşaatına başlanmıştır. İlk olarak Tarihi Kayıkların inşaat sürecinde korunabilmesi için geçici bir depo inşa edilmiş ve 2009 yılında kayıklar bu depoya taşınmış, Tarihi Kayıklar Galerisi de yıkılmıştır. Nihayet 2013 yılında müze inşaatı tamamlanmış ve 04 Ekim 2013 tarihinde ziyarete açılmasına karar verilmiştir. Denizcilik kültürümüzün eşsiz eser ve objelerini en etkili biçimde sergilemek için gerekli fiziki koşulları sağlamayı hedefleyen İstanbul Deniz Müzesi, yeni binalarıyla üstlendiği misyonları eksiksiz bir şekilde yerine getirecek ve varlığını sürdürmeye devam edecektir."